1. Umum

Tujuan madrasah sebagai bagian dari tujuan pendidikan nasional adalah mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab.

2. Khusus

MAN 5 Sleman sebagai salah satu lembaga pendidikan yang diharapkan dapat memberikan kontribusi yang besar bagi kemajuan pembangunan bangsa dan negara Republik Indonesia ini. Oleh karena itu madrasah telah menetapkan tujuan secara khusus untuk menghasilkan lulusan yang memiliki keunggulan dalam hal:

1. Terciptanya lulusan yang santun dan berkualitas (taqwa, terampil, unggul, dan mandiri) yang didasari nilai-nilai agama.

2. Terciptanya lulusan yang siap melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi dan mampu bersaing di dunia kerja.

3. Terciptanya lulusan yang cerdas, dan mempunyai kesadaran dan tanggung jawab dalam pengelolaan lingkungan hidup serta menjaga kelestariannya.